本教會係於1987年由南港教會陳錦根長老﹑劉堅望執事﹑莊克倫兄弟和陳錦彪兄弟四位,為擴展南港地區福音之傳揚,於當年3月開始家庭聚會籌備成立教會。經過多次之禱告而後得上帝之帶領,租得研究院路二段12巷1號為禮拜堂,於5月10日奉主之名開始,由吳義方牧師主理正式第一次之禮拜,然後邀請多位牧師傳道,長老至本會輪流證道,8月23日起邀請由美返台之江法標牧師駐本堂牧會。
1988年1月8日經七星中會接納,加入台灣基督長老教會七星中會為直屬支會,1月31日中會派中會議長林肇燦牧師及中委至本堂主持開設禮拜,並派李約翰牧師為本堂小會議長,至1988年6月後李牧師因出國,中會改派林肇燦牧師為本堂小會議長。
1988年6月底江牧師返美後,中會於8月開始派羅啟宗傳道駐本堂牧會。羅啟宗傳道在本堂牧會至1990年7月屆滿兩年後,前往南部教會牧會。8月起派林信俐傳道駐本堂牧會,及至1991年7月底林信俐傳道任滿一年,派往金包里教會。8月1日派任李世昌傳道駐任本堂,並於8月29日由小會議長林肇燦牧師為其舉行就任典禮。
1989年2月18日成立「社區插花班」,參加的學員約有20名,特別聘請黃芳美老師為插花班老師。上課時間為週六下午兩點起。原禮拜堂的租約於1992年四月底到期,長執們另覓新居作為禮拜堂,找到研究院路二段11巷5號1樓的房子,乃於1992年3月17日簽約,22日交屋,經過一番整理,於6月遷入,自7月開始正式於新址做禮拜。
1992年7月31日李世昌傳道任滿1年向中會申請調動,獲派至壽山中會牧會,同年8月1日,台灣神學院派神學研究所林伯壽同學至本教會協助聖工之推行,至1993年6月30日結束。
1993年9月13日,應本教會申請,中會派陳福住牧師﹑許尚武長老來本會審查升格堂會的條件。並於11月7日派許尚武長老來本教會佈達升格堂會,至此本會正式成為堂會。
1994年2月起聘請陳重光牧師前來駐堂牧會,並於4月24日下午於本堂舉行獻堂暨首任牧師就職典禮。11月20日成立「南福教會松年團契」,首任會長為盧昆山長老,副會長為郭宗德執事,書記為潘節子執事,顧問為陳重光牧師。
1995年10月7日成立「社區日語班」,首期(10月至12月)的學員僅11名,特別聘請莊美英老師任日語班老師,上課時間為每週六晚間八時起兩節。
1996年2月29日上午10時召開「喜樂讀經班」籌備會於本教會,並於3月6日上午「喜樂讀經班」正式成立,由本堂陳重光牧師帶領。時間是上午9點至10時30分,出席10人。
1996年3月2日及5日分別成立「社區書法班」及「社區國畫班」,1996年第一期(3月~4月)的學員分別是17名及10名,特別聘請魯漢平老師及賴淑慎老師任教。後來將這兩個班與「社區日語班」合併,改名為「社區教室」。 1996年7月11日到8月10日開辦「社區暑期快樂兒童營」,報名參加的國小學生達37名。有英語﹑日語﹑美術﹑作文﹑摺紙﹑陶土以及故事教室(宗教教育)等課程。